Janne Holmén är universitetslektor vid Institutionen för pedagogik, didaktik och utbildningssociologi vid Uppsala universitet. Han disputerade som fil dr i historia år 2006 vid Uppsala universitet på en avhandling om hur Norges, Sveriges och Finlands olika utrikespolitiska positioner under kalla kriget påverkade skildringen av USA och Sovjetunionen i ländernas läroböcker.
Holmén har även bland annat forskat om regional identitet och regional historieskrivning på öar i Östersjön och om mentala kartor och historiesyn hos gymnasieelever i Östersjö- och Medelhavsområdena.