Institutets forsknings- och utbildningsverksamhet utförs inom projekt, nätverk eller i samarbete med andra kunskapsinriktade organisationer. Institutet har initierat och deltagit i flera projekt där forskare från olika discipliner, specialiserade på självstyrelse, minoriteter eller säkerhet samarbetat. Bland dem kan nämnas projekten ”Minorities around the Baltic Sea” (avslutades 2006), ”The Åland Example and Its Components – Relevance for International Conflict Resolution” (2010-2011) samt minoritetsspråk och flerspråkighet i Europa (ELDIA, 2010-2013).
Fredsinstitutet har lång erfarenhet av möten med deltagare från konfliktområden och arbete med ungdomar, bland annat genom ungdomsutbyten och volontärverksamhet inom EU:s Erasmusprogram. Institutet har också arbetat för jämställdhet och mot sexuellt våld inom flera olika projekt. Projekten stöds av olika lokala, nationella eller internationella finansiärer.